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일동제약 R&D 자회사 합병으로 '약가 인하' 대응, 윤웅섭 수익성 부담은 더 커졌다

장은파 기자 jep@businesspost.co.kr 2026-04-15 16:03:54
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[비즈니스포스트] 윤웅섭 일동제약 대표이사 회장이 연구개발(R&D) 자회사 유노비아를 흡수합병하기로 하면서 약가 제도 개편에 따른 리스크 대응에는 일단 숨통을 틔웠다는 평가가 나온다.

다만 동시에 과제도 안게 됐다. 그동안 분리해 관리해온 연구개발 비용이 다시 본사 재무에 반영되는 만큼 수익성 부담은 가중될 가능성이 커졌기 때문이다.
 
일동제약 R&D 자회사 합병으로 '약가 인하' 대응, <a href='https://www.businesspost.co.kr/BP?command=article_view&num=431608' class='human_link' style='text-decoration:underline' target='_blank'>윤웅섭</a> 수익성 부담은 더 커졌다
윤웅섭 일동제약 대표이사 회장(사진)이 유노비아를 다시 합병하기로 결정하면서 올해 연구개발 성과 부담이 더욱 커졌다.

15일 제약업계에 따르면 일동제약이 최근 유노비아 흡수합병을 결정한 배경에는 혁신형 제약기업 인증 요건 유지 필요성이 크게 작용한 것으로 분석된다.

유노비아는 2023년 11월 일동제약이 연구개발 기능을 분리해 설립한 자회사다. 일동제약은 13일 이 회사를 다시 흡수합병하기로 결정했다. 합병기일은 6월16일이다.

일동제약은  “경영 환경의 변화와 불확실성 확대에 효과적으로 대응하고 사업 경쟁력을 강화하기 위해 합병을 결정했다”고 설명한다. 하지만 이면에는 약가 인하 움직임에 대응하기 위한 의도가 깔려있다는 것이 제약업계의 전반적인 시각이다.

혁신형 제약기업 인증은 의약품 매출 대비 일정 수준 이상의 연구개발 투자 비중을 요구한다. 

정부가 추진하는 제네릭 및 특허만료 의약품 약가 산정률 개편이 현실화될 경우 인증 유지 여부는 약가 우대 등 정책적 혜택과 연결되는 만큼 수익성과 직결될 수밖에 없다.

실제 일동제약의 연구개발 투자 비중은 유노비아 분사 이후 크게 낮아졌다. 

윤웅섭 회장이 신약개발 중심 기업 전환을 추진하던 2021년에는 매출 대비 연구개발 투자 비중이 19.3%, 2022년에도 19.7% 등 20%에 육박했지만 2023년 16.3% 수준에서 2024년 1.54%까지 급감했다. 2025년에도 6.54% 수준에 머물렀다.

새롭게 재편된 혁신형 제약기업 기준인 의약품 매출 대비 7%에도 못 미치는 수준이다. 

이번 합병이 사실상 인증 요건을 충족하기 위한 불가피한 선택이라는 해석이 나오는 이유다. 혁신형 제약기업 인증을 받아야 약가 산정에 우대를 받을 수 있는 만큼 예전에 떼어냈던 연구개발 자회사를 다시 본사에 붙이는 방법으로 매출 대비 연구개발 투자 비중을 높여 인증을 받는 방안을 선택한 것으로 볼 수 있다.
 
문제는 재무 부담이 커질 수 있다는 점이다.

일동제약은 연구개발 투자 확대 과정에서 이미 상당한 손실을 경험했다. 일동제약 영업손실은 별도기준으로 2021년 543억 원, 2022년 721억 원, 2023년 407억 원 등을 기록했다. 3년 누적 영업손실만 1671억 원에 이른다.

반면 유노비아를 분사한 뒤에는 수익성이 빠르게 개선됐다. 일동제약은 2024년 별도 기준 영업이익 498억 원을 거두며 흑자 전환에 성공했고 2025년에는 284억 원을 거두며 흑자를 이어갔다.

일동제약이 유노비아를 합병하기로 한 배경에는 유노비아가 단기간 내 자체 수익 기반을 확보하기 쉽지 않다는 점도 고려된 것으로 보인다.

유노비아는 2025년 말 기준으로 자본총계가 마이너스로 전환하며 완전 자본잠식 상태였다. 2025년 말 기준으로 누적 결손금이 796억 원으로 손실 부담이 커졌지만 자금을 조달할 방안이 마땅치 않아졌다.

개정된 상법에 따라 자회사의 중복 상장을 원칙적으로 금지하기로 하면서연구개발 자회사를 별도로 상장해 자금을 조달하는 전략의 현실성이 이전보다 낮아졌기 때문이다.

정부는 3월 상장사의 자회사(물적분할 등) 중복상장을 원칙적으로 금지하고 예외적으로만 허용하는 방안을 발표한 바 있다.

이런 흐름 속에서 유노비아를 다시 흡수하는 결정은 인증 유지라는 정책 대응 측면에서는 의미가 있지만 단기적으로는 영업손익 부담 확대를 감수해야 하는 선택이 될 가능성도 높다.

결국 윤 회장에게는 연구개발 투자 확대와 수익성 방어를 동시에 달성해야 하는 과제가 다시 주어진 셈이라 할 수 있다.
 
일동제약 R&D 자회사 합병으로 '약가 인하' 대응, <a href='https://www.businesspost.co.kr/BP?command=article_view&num=431608' class='human_link' style='text-decoration:underline' target='_blank'>윤웅섭</a> 수익성 부담은 더 커졌다
▲ 일동제약(사진)이 신약 파이프라인 상업화를 추진하고 있다. 사진은 서울시 서초구에 있는 일동제약 본사 모습. <일동제약>

특히 올해는 윤 회장이 회장 취임 이후 맞는 첫 해라는 점에서도 상징성이 크다. 연구개발 성과를 통해 투자 확대의 정당성을 입증해야 하는 시점이기도 하다. 

윤 회장은 회장 취임 직후인 올해 1월 첫 공식 행보로 미국 JP모간헬스케어콘퍼런스에 참석하며 기술수출 가능성을 직접 모색하는 등 글로벌 파트너링 확대에 공을 들였다.

현재 유노비아의 주요 파이프라인으로는 비만·당뇨 치료를 겨냥한 GLP-1 수용체 작용제 계열 약물인 ‘ID110521156’과 P-CAB 계열 소화성궤양 치료제 ‘파도프라잔’이 꼽힌다.

GLP-1 계열 후보물질은 경구용 제형으로 개발할 수 있어 시장의 관심을 받고 있다. 최근 글로벌 비만 치료제 시장이 주사제 중심에서 경구제 경쟁으로 확장되는 흐름과 맞닿아 있기 때문이다.

일라이릴리와 노보노디스크 역시 올해 미국 식품의약국(FDA)로부터 각각의 경구용 비만치료제에 대해 품목허가를 받아 출시했다. 세계 비만약의 양대산맥으로 여겨지는 두 회사 모두 경구용 치료제를 출시하면서 사실상 개발 방향이 경구용 치료제 중심으로 흘러가는 모습이다.

일동제약 관계자는 “이번 합병은 연구개발 자산의 내재화 및 집중도 있는 통합 관리를 통해 신약 연구개발 등 핵심 과업을 연속성 있게 추진하기 위한 결정”이라며 “주요 파이프라인에 대한 라이선스 아웃을 포함한 상업화 추진에 속도를 낼 것”이라고 말했다. 장은파 기자

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