국세청과 마이크로소프트(MS)가 법인세를 놓고 역대 최대 규모의 조세소송을 벌일 것으로 보인다.

지난해 벌어진 4천억 원대 KB국민은행 조세소송을 뛰어 넘는 규모다.

대법원 판례는 국세청에 불리한데 이런 판례가 국제적 추세에 뒤떨어진다는 지적도 나온다.

22일 세무당국에 따르면 마이크로소프트는 특허 사용료에 부과된 법인세 6340억 원을 돌려달라며 8월 국세청에 경정청구를 했다. 청구대상은 삼성전자가 원천징수를 통해 국세청에 납부한 법인세다.

삼성전자는 스마트폰과 PC 등을 만드는 과정에서 마이크로소프트의 특허를 사용하기 때문에 1년에 1조 원가량의 특허료를 지불한다. 이 특허료를 마이크로소프트에 주기 전에 국내 세법, 한국과 미국의 조세조약 등에 따라 최대 15%를 떼 국세청에 미리 납부한 것이다.

마이크로소프트는 조세조약상 미국 당국에만 세금을 내면 되기 때문에 한국 세무당국이 법인세를 따로 거둬가는 것은 이중과세라며 이를 돌려달라고 요구했다.

두 나라의 조세조약에 따라 한 나라에만 세금을 내면 되고 대법원에서도 이중과세를 지적하는 판결을 내린 적이 있다는 것이다. 대법원은 1992년 국내에 등록되지 않은 특허의 사용대가에 대해서는 법인세 원천징수를 할 수 없다는 판결을 내놨다.

반면 국세청은 국내기업이 마이크로소프트 특허를 사용할 때는 특허 등록지역과 상관없이 대가를 지불하는 만큼 세금부과도 정당하다고 반박하고 있다. 마이크로소프트의 논리대로라면 국내기업이 미국 특허기술을 사용할 때는 특허료 자체를 낼 필요가 없는 셈이 아니냐는 것이다.

2008년 법인세법이 개정되면서 외국 특허가 국내 제조·판매 등에 쓰였을 때는 국내에서 사용된 것으로 규정하고 있는 점도 강조하고 있다.

문제된 세금 규모가 6천억 원이 넘는 만큼 국세청이 마이크로소프트의 청구를 받아들이지 않을 경우 소송으로 번질 것으로 보인다.

하지만 국세청의 승소 가능성은 불투명하다. 법원이 법인세법 개정 이후에도 기존 판례의 입장을 따르고 있기 때문이다.

법원은 2011년부터 미국 특허관리회사 색슨이노베이션과 삼성전자 등이 “특허사용료에 물린 세금을 돌려달라”며 낸 소송 7건에서 모두 기업의 손을 들어줬다

서울행정법원은 지난해 “국제조세조정법상 한미조세협약이 우선 적용되므로 과세 여부는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다”며 “국외특허를 국내에서 제조·판매 등에 사용하는 데 대한 대가로 지급한 사용료라도 이를 한미조세협약에 따른 사용료소득으로서 국내원천소득에 해당한다고 볼 수 없다”고 판결했다.

대법원의 판단이 바뀌어야 한다는 지적도 나온다. 국제적 과세기준으로 통용되는 경제협력개발기구(OECD)의 모델 조세조약은 ‘특허료에 매기는 세금은 등록지 여부와 무관하다’고 규정하고 있기 때문이다.

박종수 고려대 법학전문대학원 교수는 “대법원 판례는 다국적 기업에 대한 과세를 강화하려는 국제적 추세와 맞지 않는 측면이 있다”고 말했다.

국내기업들이 미국계 기업에 지급하는 특허료 규모는 갈수록 커지고 있어 이번 사안의 최종결과가 주목된다.

특허청에 따르면 지난해 한국의 미국에 대한 특허수지 적자규모는 5조8159억 원에 이른다. 조세조약상 제한세율인 15%를 적용하면 8724억 원가량의 세금을 징수할 수 있는 규모다. [비즈니스포스트 고진영 기자]